Esquema de vacunación infantil en Colombia: lo que dicen las cifras

Dos mediciones de 2025 sobre la pentavalente en menores de un año no coinciden en el número: el gremio Acemi, citado por Portafolio, calcula 91,6% a nivel nacional; el Segundo Informe Anual de Salud Pública de Así Vamos en Salud, reportado por El Tiempo, ubica el promedio cerca del 85%. Donde sí coinciden ambas fuentes es en que el promedio nacional esconde más de lo que muestra: Bogotá supera el 99% y Vichada no llega al 55%. Para una IPS pediátrica esa brecha no es una estadística lejana, es una lista de pacientes con nombre y cédula que ya están afiliados a una EPS y que solo necesitan que alguien los llame.

El promedio nacional depende de quién lo calcule

La diferencia entre el 91,6% de Acemi y el cerca de 85% de Así Vamos en Salud no es un error de imprenta ni una de las dos fuentes “equivocada”: son dos ejercicios distintos sobre el mismo universo de datos, con cortes y ponderaciones propias, y ninguna las promedia entre sí. Lo que sí comparten los dos informes es la dirección del dato específico de Vichada, el departamento que ambos señalan como el más rezagado del país en pentavalente, aunque tampoco ahí el número exacto es idéntico.

Lo que esta discrepancia deja claro es que ningún comité de una IPS debería fijar una meta interna copiando un solo número de prensa. Lo útil de los dos informes no es la cifra nacional —que además de discutible es un promedio que ninguna institución concreta atiende—, sino la señal territorial que repiten ambos: la vacunación se recuperó de forma desigual después de la pandemia y en algunos departamentos ni siquiera se ha recuperado.

La brecha entre territorios duplica la brecha del promedio

Si el promedio nacional se mueve entre 85% y 92% según quién lo mida, la brecha entre el mejor y el peor territorio es un problema de otro orden. Así Vamos en Salud calcula 46,38 puntos porcentuales de diferencia entre Bogotá (99,32%) y Vichada (52,94%) en pentavalente; Acemi, por su parte, reporta a Buenaventura con 57,4% en la misma vacuna y con la triple viral apenas en 65%. El mismo informe de Así Vamos en Salud agrega que ningún departamento del país superó el 80% de cobertura contra el virus del papiloma humano en adolescentes.

Esta es la parte que un promedio nacional no puede explicarle a una IPS que opera en Cali, en Cúcuta o en Villavicencio: la cobertura real depende de la comuna, no del país. Una institución con pacientes en zonas dispersas o migrantes recientes probablemente está muy por debajo de cualquiera de los dos promedios citados arriba, y ninguna cifra de prensa se lo va a decir con precisión — solo su propia historia clínica lo hace.

El esquema atrasado casi nunca es un rechazo a la vacuna

El dato más útil de todo este debate no viene de un informe nacional sino de un reporte local: la Secretaría Distrital de Salud de Bogotá documentó que 58.249 niños menores de seis años tienen dosis pendientes de más de 26 enfermedades. Pero la cifra que de verdad importa para una institución de salud está un nivel más abajo: de ese universo, 77% ya recibió al menos una dosis y 57% tiene el esquema completo. Es decir, la mayoría de los “niños con esquema atrasado” no son familias que rechazan la vacuna — son familias que ya iniciaron el proceso y no lo terminaron.

Esa distinción cambia por completo qué tan difícil es la tarea. Recuperar a un niño que ya tiene abierta una historia clínica en el PAI y que solo le falta el refuerzo de triple viral a los 18 meses o la tercera dosis de pentavalente no requiere una campaña de sensibilización de cero: requiere identificar el nombre en el sistema y contactar al afiliado antes de que pase otro control. La Resolución 3280 no mide solo si la dosis se aplicó, sino su oportunidad — si se puso dentro de la ventana de edad que la norma técnica define para cada biológico. Un esquema aplicado seis meses tarde cuenta distinto a uno aplicado a tiempo, y esa diferencia es exactamente lo que la búsqueda activa está diseñada para corregir.

El retroceso ya tiene consecuencias que se ven en consulta

Este no es un ejercicio abstracto de indicadores. Así Vamos en Salud documenta que las enfermedades que el PAI existe para prevenir ya están regresando: la tos ferina registró 1.123 casos más que en 2024, con 32 muertes asociadas —27 más que el año anterior—, y la fiebre amarilla dejó 125 casos y 46 muertes en 2025, más del 90% de ellas en personas sin vacunar, con aparición en departamentos donde antes no se conocía su circulación, entre ellos Tolima, Caldas y Cauca (El Tiempo / Así Vamos en Salud). El dengue, que no depende del PAI pero comparte la misma vigilancia epidemiológica, sumó 120.070 casos y 135 muertes asociadas en el mismo período; el 45,7% de los pacientes con dengue requirió hospitalización.

Ninguna de estas tres enfermedades es nueva ni exótica: son exactamente las que un esquema completo y oportuno debería estar evitando. La brecha territorial de la sección anterior no es entonces solo un problema de cobertura sobre el papel, es la explicación más directa de dónde va a aparecer el siguiente caso.

El promedio nacional también esconde quién retrocedió

Así Vamos en Salud no solo marca el piso (Vichada) y el techo (Bogotá). Señala rezagos en Vaupés, Chocó, Magdalena, Norte de Santander, Sucre y Bolívar, y documenta que cerca del 40% de las entidades territoriales registró retrocesos en pentavalente frente a 2022, con deterioros especialmente marcados en Vichada y Vaupés (El Tiempo). En triple viral, el informe asocia caídas en departamentos como Vaupés, Vichada, Magdalena, Cesar, Putumayo, Chocó, Guainía y La Guajira con barreras geográficas, sociales y de acceso que golpean sobre todo a zonas rurales y dispersas.

En VPH, ningún territorio superó el 80% en 2025: Boyacá lideró con 79,38% y Vichada cerró en 33,47%. Eso importa para una IPS pediátrica o de adolescentes porque el “promedio nacional” —ya sea el 91,6% de Acemi o el cerca de 85% de Así Vamos— no te dice si tu sede opera en un territorio que mejoró o en uno del 40% que retrocedió. Solo tu cruce de historia clínica con el PAI lo hace.

Checklist operativo: esquema abierto vs esquema cerrado

1. Lista A — esquema iniciado, no cerrado: al menos una dosis registrada y refuerzos o terceras dosis pendientes (el patrón del 77% en Bogotá).
2. Lista B — sin registro de esquema en tu IPS: requiere verificación con EPS/PAI antes de asumir rechazo.
3. Contacto proactivo primero a Lista A, con dueño nominado y registro de intento; campaña masiva solo después.
4. Registra oportunidad (dentro de ventana de edad vs tardía) para lo que reportas bajo la Resolución 3280.
5. Si atiendes población dispersa o migrante, prioriza sedes o convenios en los departamentos que ambos informes marcan como rezagados —no el promedio de la capital.

Qué puede hacer tu institución

• Identifica en tu historia clínica quién tiene el esquema abierto pero no cerrado. No es lo mismo un niño sin ningún registro que uno al que solo le falta el refuerzo de los 18 meses. El segundo grupo es más grande y mucho más fácil de recuperar.
• Prioriza el contacto proactivo antes que la campaña masiva. Una llamada o un mensaje dirigido a la familia que ya tiene una dosis aplicada tiene más probabilidad de cerrar el esquema que un aviso genérico en sala de espera.
• Registra la oportunidad de la dosis, no solo si se aplicó. Si tu institución reporta indicadores bajo la Resolución 3280, una dosis tardía sigue contando como pendiente para efectos de oportunidad, así ya esté puesta.
• Coordina con la EPS del afiliado antes de agendar. El PAI es gratuito para cualquier persona en el territorio nacional independientemente de su afiliación, pero la autorización y el registro correcto evitan que la dosis quede duplicada o sin trazabilidad.
• Prioriza las zonas de mayor rezago si atiendes población dispersa o migrante. Los departamentos con menor cobertura no son un dato lejano si tu institución tiene sedes o convenios fuera de las grandes capitales.
• No fijes la meta interna copiando un solo promedio de prensa. Usa Acemi y Así Vamos como señal de dirección y de brecha; usa tu propia lista nominal como meta.

Este tipo de contacto sistemático — antes de que la cita se pierda, no después — es la misma lógica detrás de un sistema de salud proactivo: la institución busca al afiliado con el esquema atrasado en vez de esperar a que aparezca por su cuenta. Si tu institución opera en Colombia y quiere ver cómo se organiza esa búsqueda activa en la práctica, esto se conecta con cómo opera Arbol en Colombia.